Санитарно-микробиологические исследования почвы проводятся для того, чтобы определить в почве наличие микроорганизмов, их количественный и видовой состав. В профилактических целях на сельскохозяйственных угодьях и в местах досуга, а также перед началом строительства, на этапе инженерных изысканий проводят паразитологические и бактериологические анализы. Бактериологический анализ почвы позволяет проверить, содержатся ли в ней бактерии группы кишечной палочки (БГКП) и патогенные микроорганизмы (энтерококки и сальмонеллы). Паразитологическое исследование включает выявление яиц различных гельминтов на разных стадиях развития, а также цист кишечных простейших (лямблий). Также возможно проведение расширенного микробиологического анализа (СанПиНом 2.1.7.1287-03 «Санитарно-эпидемиологические требования к качеству почв), который рекомендован для зон высокого риска: для детских игровых площадок, школ и детских садов, лесопарков, скверов и зон отдыха на водоемах.